Отличительной особенностью насоса «Водомет-Проф» является применение двух уплотнений, выполняющих разные функции: уплотнение насосной части изолирует электродвигатель от воздействия избыточного давления, создаваемого насосными ступенями, в то время, как уплотнение электродвигателя герметизирует непосредственно электродвигатель и разделяет с одной стороны его внутреннюю полость заполненную маслом, а с другой лишь среду, в которую погружен насос. Данное решение позволяет исключить воздействие высокого давления на элементы электродвигателя, находящегося в одном корпусе с насосной частью, а в частности на уплотнение электродвигателя и мембрану, что было невозможно при предшествующей конструкции насоса «Водомет».

Также в насосе «Водомет-проф» каждый направляющий аппарат имеет свое радиальное уплотнение, что исключает утечки перекачиваемой среды и позволяет собрать абсолютно герметичный пакет насосных ступеней. Применение термовыключателя, вынесенного за пределы маслозаполненной полости облегчает диагностику и ремонт насоса.